
Le bouchon vaseux est un phénomène rencontré dans la plupart des estuaires à marée. Il résulte de la rencontre des eaux du fleuve avec les eaux marines : les organismes vivant dans les eaux douces meurent au contact des eaux salées et forment avec les sédiments une masse en suspension. Le régime des marées et le débit du fleuve contribuent à faire migrer cette masse vaseuse dans l'estuaire, modifiant ainsi son étendue et son volume.

Dans l'estuaire de la Loire, le bouchon vaseux aurait doublé de volume depuis 1982 (selon certains experts) et il s'étend fréquemment en amont de Nantes. Il contribue très largement à la dégradation de la qualité des eaux et constitue un problème pour la vie piscicole et l'alimentation en eau des marais. La poursuite des études prospectives aval va permettre de savoir comment évoluent plus précisément le bouchon vaseux et les phénomènes de sédimentation dans l'estuaire.
La géométrie de la Loire et de son estuaire a été profondément modifiée depuis la fin du XIXe siècle, du fait de l’évolution du trafic maritime qui a nécessité une adaptation des profondeurs du chenal navigable, et du fait des extractions de matériaux du lit du fleuve.
Cet abaissement de la ligne d’eau est d’une part une conséquence du creusement des fonds du lit en amont de Nantes par extraction de matériaux. Il résulte d’autre part de la chenalisation de l’estuaire en aval de Nantes par l’abaissement des fonds et la réduction de ses largeurs.