Dans le nouveau Plan Loire Grandeur nature 2007 / 2013, la Loire estuarienne de la Maine à la mer est « plate-forme/grand projet ». Le Groupement d’Intérêt Public Loire Estuaire en est le « Pilote » et il est chargé de proposer une approche prospective cohérente et durable du territoire estuarien déclinée en 3 missions :

- poursuite, développement et diffusion de la connaissance et des suivis sur la Loire et son estuaire ;
- études de restauration à long terme de l’estuaire en aval de Nantes ;
- animation du SAGE.